El río San Juan es, junto con el río Jáchal, el más importante río de la provincia de San Juan, Argentina. Ambos se unen en los sistemas río Desaguadero/río Colorado que desembocan en el Mar Argentino.

El río arranca cerca de la localidad de Calingasta, al sudoeste de la provincia, de la confluencia de tres principales ríos: "Calingasta", "Castaño", y el río de los Patos. Estos ríos nacen a una altitud de alrededor de 4.500 msnm en el oeste y el sudoeste de la provincia (en contraste, el río Jáchal recibe sus tributarios andinos en el norte de la provincia).

De Calingasta, el río va al este alimentando el Embalse Quebrada de Ullum cerca de la ciudad capital provincial de San Juan, continuando al sudeste recibiendo más tributarios, incluyendo al río Mendoza, para desembocar luego en el río Desaguadero cerca de la Salina Pampa de las Latas (o Salina Bermejo), en el límite de las provincias de San Juan, Mendoza y de San Luis.

El río tiene un caudal medio de 56 m³/s. Su curso es de 500 km de longitud, y la cuenca cubre 39.906 km². El Embalse Ullum a 768 msnm, tiene 32 km² y un volumen de 440 millones de m³. El curso superior del río se usa para deporte: rafting, pesca, windsurf y natación en el Ullum. En toda su longitud, el río San Juan se usa para riego.